森林是人类赖以生存的资源宝库，随着全球气候变化的加剧，森林生态系统吸收二氧化碳的功能对减缓全球气候变化具有重要的作用。基金会将通过造林、恢复生态系统、森林可持续管理等，增加陆地碳吸收量。

林业碳汇项目是基金会组建的起源，也一直是绿色基金会关注和探索的重点。自2008年起绿色基金会与TNC合作，一直坚持推动云南碳汇项目的发展，包括在云南开展地块筛选、碳汇项目储备，并与省林业厅碳汇办公室共同完成了11个谈会项目的项目概念书撰写。组织举办了云南森林气候变化研讨会及碳汇技术培训班，共有150多人参加。通过培训为西双版纳、临沧及昆明市培养了一批专业技术骨干，自助云南林业职业技术学院成立了碳汇研究所。

同时，基金会还参与了省科技厅CDM中心、TNC、竹子碳方法学开发的基线调查和迪士尼澜沧江植被恢复林业碳汇项目开发的基线调查工作。受省林业厅的委托，承担了云南第一个CCB金牌碳汇项目——腾冲项目的后期监管工作。